Pierre Boyer-Mercier mène des travaux sur l’habitation, sous l’angle de la sociologie des rapports de voisinage et des modes d’habiter. Il a notamment mené des recherches sur les rapports de voisinage dans l’habitat individuel dense (les rapports d’intimité et à la collectivité), les modes d’habiter dans l’habitat intermédiaire (convivialité/mixité), et les rapports citoyens dans différentes typologies d’habitation. Il s’est également intéressé à l’histoire de la vie privée et aux principes du « nouvel urbanisme ». Ses activités relèvent également du journalisme et de l’édition spécialisée en architecture, étant cofondateur de la revue ARQ/Architecture-Québec.

Il participe aux travaux du groupe de recherche IGNIS, notamment sur la cinquième façade.